肩こりの原因を大別すると、病気が原因で起こる肩こりと、病気が原因ではない肩こりにわけられます。
まず病気が原因ではない肩こりの方から見ていきましょう。
病気が原因ではない肩こりの原因は様々な原因があります。
一番多いのは「筋肉の疲労」によるものです。
筋肉疲労とは、筋肉の使いすぎで疲労が慢性化し、筋肉の血行が悪くなった状態です。
筋肉疲労による肩こりは、筋肉の使いすぎで血流が悪くなり、筋肉内に老廃物が貯まるため生じます。運動のしすぎ等で筋肉疲労となる場合もありますし、慢性的に筋肉を使いすぎても筋肉疲労となって肩こりがおこります。
たとえば、デスクワークなどによる「長時間での同じ姿勢」、これに伴う「不良姿勢」など、同じ筋肉のみ使いつづける場合は、筋肉疲労を招きやすくなります。同じ姿勢を長時間とり続けると、腕や首を支えている筋肉（僧帽筋や肩甲挙筋など）が疲労。それにより血流が低下することで、筋肉に老廃物が蓄積して、肩や首の神経を刺激していくのです。それが肩こりの痛みとなってあらわれます。
その他の原因には体型によるもの、冷えからくるもの、姿勢の、運動不足、眼精疲労、更年期の症状等があります。
