結核菌が、肺の病巣から血液を通じて脊椎に運ばれて病巣を作ったもの。椎体が最初に侵され、やがて椎間板を破壊して隣接した椎体にも病巣が波及する。病巣部には、肉芽と乾酪様組織といわれるチーズの腐ったような壊死巣)が形成される。通常、周囲に膿瘍を伴うが、この膿瘍は深部にあって発赤や熱感を伴わないことから冷膿瘍と呼ばれる。多量になると病巣の外にも広がり、重力のため下方へ移動し、下腹部や背部、臀部に膿瘍を触れることがある（流注膿瘍）。脊椎は、化膿性脊椎炎ほど反応性に新生骨が形成されない。このため脊椎は、椎間板を中心に広範に破壊されて楔状になり、やがて隣り合った脊椎と癒合して背中が曲がって治癒する（亀背）。
通常、肺の結核病巣からの血行を介した二次性感染。過去にかかった肺結核が治ったあ とも、体内に潜伏していた結核菌が何らかの原因で再び活動を始めることで起こる。そのほか、家族など周囲の患者さんからの感染、幼小児では高齢者の患者さんやＢＣＧ接種からの感染などで生じる。近年は高齢者の発症が多くみられる。また、ステロイド製剤を使用していたり、腎透析の患者さんなど基礎疾患をもっている人やＨＩＶ感染者など、免疫力が低下した人への感染が問題になっている。
